Upon entering the Musjid, if one finds that there is no one present in the Musjid, one should recite the following Duaa:
اَلسَّلاَمُ عَلَينَا وَعَلَى عِبَادِ اللهِ الصَّالِحِين
May peace descend upon us and upon the pious servants of Allah Ta’ala
عن ابن عمر في الرجل يدخل في البيت أو في المسجد ليس فيه أحد ، قال : يقول : السلام علينا وعلى عباد الله الصالحين. (مصنف ابن ابي شيبة رقم 26353)
It is reported from Hazrat ibn Umar (Radhiyallahu Anhuma) that a person who enters a home or a Musjid wherein there is no one present should make salaam in the following manner:
اَلسَّلاَمُ عَلَينَا وَعَلَى عِبَادِ اللهِ الصَّالِحِين
Source: Ihyaauddeen.co.za