One should recite the following Duaa upon awakening:
لاَ إِلَهَ إِلاَّ أَنْتَ سُبْحَانَكَ اللَّهُمَّ أَسْتَغْفِرُكَ لِذَنْبِى وَأَسْأَلُكَ رَحْمَتَكَ اللَّهُمَّ زِدْنِى عِلْمًا وَلاَ تُزِغْ قَلْبِى بَعْدَ إِذْ هَدَيْتَنِى وَهَبْ لِى مِنْ لَدُنْكَ رَحْمَةً إِنَّكَ أَنْتَ الْوَهَّابُ
There is none worthy of worship besides You. Glory be to You, O Allah, I seek Your forgiveness for my sins and I ask You for Your mercy. O Allah, increase me in knowledge and do not allow my heart to deviate after You have guided me and bestow upon me mercy from Your side, indeed You are the Granter of bounties..
عن عائشة رضى الله عنها أن رسول الله صلى الله عليه وسلم كان إذا استيقظ من الليل قال لا إله إلا أنت سبحانك اللهم أستغفرك لذنبى وأسألك رحمتك اللهم زدنى علما ولا تزغ قلبى بعد إذ هديتنى وهب لى من لدنك رحمة إنك أنت الوهاب (ابو داود رقم 5063)
Hazrat Aaisha (Radhiyallahu Anha) reports that Rasulullah (Sallallahu Alaihi Wasallam) would recite the following Duaa upon awakening during the night:
لاَ إِلَهَ إِلاَّ أَنْتَ سُبْحَانَكَ اللَّهُمَّ أَسْتَغْفِرُكَ لِذَنْبِى وَأَسْأَلُكَ رَحْمَتَكَ اللَّهُمَّ زِدْنِى عِلْمًا وَلاَ تُزِغْ قَلْبِى بَعْدَ إِذْ هَدَيْتَنِى وَهَبْ لِى مِنْ لَدُنْكَ رَحْمَةً إِنَّكَ أَنْتَ الْوَهَّابُ
Source: Ihyaauddeen.co.za